První sbormistrovské zkušenosti získal vedením přípravných oddělení Boni pueri. 1993 Založil sbor Gymnázia J.K.Tyla. 1996 převzal Komorní sbor Kantiléna a založil Královéhradecký mužský sbor. V roce 1999 uskutečnil svůj velký sen a v Pardubicích založil Chlapecký sbor BONIFANTES.
Přes své mládí získal již tři ocenění za mimořádný dirigentský výkon - v roce 1997 na Mezinárodním festivalu v Litomyšli, v roce 1999 na Mezinárodní soutěži Felixe Mendelssohna - Bartholdy v německém Pohlheimu a v roce 2001 na soutěži duchovní hudby Musica Sacra Praga. S Královéhradeckým mužským sborem získal na 1. světové sborové Olympiádě v rakouském Linzi zlatou medaili v kategorii mužských sborů.
Je absolventem mistrovských dirigentských kurzů - v roce 1998 ve Zwickau (prof. Gert Frischmuth a Gábor Hollerung) a v roce 1999 a 2001 ve Wernigerode (prof. Friedrich Krell, Gábor Hollerung a Robert Sund).
Jan Míšek se věnuje i skladatelské činnosti, spolupracuje s hudebním nakladatelstvím Edition Music - Contact, které vydává jeho skladby. V roce 1999 byl na základě svých výsledků Americkým životopisným institutem (ABI) nominován do 9. vydání encyklopedie The International Directory of Distinguished Leadership, v roce 2001 byl zařazen do encyklopedie Who is who. Od roku 2001 je šéfredaktorem českého serveru pro sborové umění SBOR.CZ
Milníky
1996
Praha - vítězství v soutěži Hudba na gymnáziu
1997
Litomyšl - Stříbrná medaile a Cena za mimořádný dirigentský výkon
1998
Olomouc - 2 zlaté a 2 stříbrné medaile
Zwickau - Mistrovský dirigentský kurz
1999
Pohlheim - 1 zlatá a 2 stříbrné medaile, Cena za mimořádný dirigentský výkon, Cena za nejlepší interpretaci povinné skladby
Hradec Králové - 2 zlaté a 2 stříbrné medaile
Wernigerode - Mistrovský dirigentský kurz
2000
Choir Olympics, Linz - zlatá medaile
2001
Wernigerode - Mistrovský dirigentský kurz
Pardubice - absolutorium na Konzervatoři Pardubice
Olomouc - 1 zlatá a 2 stříbrné medaile
2002
Praha - zlatá medaile
Koncertní turné
1997 - Německo
1998 - Itálie, Vatikán, Rakousko, Německo, Belgie, Nizizemsko, Francie, Polsko, Litva
1999 - Německo
2000 - Rakousko
2001 - Německo, Dánsko
2002 - Německo, Rakousko, Nizozemsko, Belgie, Francie, Dánsko, USA
2003 - Rakousko, Německo, Dánsko
2004 - Německo, Belgie, Řecko, Itálie, Rakousko, Dánsko, Švédsko, USA